Η κατοίκηση του οικισμού πρέπει να ανάγεται ήδη από την ρωμαϊκή περίοδο λόγω του αρχαιολογικού υλικού που βρέθηκε γύρω από τον εγκαταλελειμμένο ναό του Αγ. Πέτρου, νοτιοδυτικά του χωριού. Βρέθηκαν επίσης ανάγλυφες επιτύμβιες στήλες μέσα στο χωριό. Τα στοιχεία αυτά κρίνονται αρκετά, ώστε το χωριό να συγκαταλεχθεί ανάμεσα σ’ αυτά της α΄ και β΄ βυζαντινής περιόδου.
ΤΟ ΟΝΟΜΑ
Δεν είμαστε σίγουροι για την ετυμολογία του ονόματος «Έμπαρος». Ο Στέφανος Ξανθουδίδης υποθέτει ότι το τοπωνύμιο αυτό είναι λέξη που απέμεινε από την Αραβοκρατία, καθώς δεν εξηγείται ούτε στα ελληνικά ούτε στα ιταλικά. Η άποψη αυτή συμφωνεί με την παράδοση που λέει ότι οι Άραβες το 824 ορμώμενοι από την Ψαρή Φοράδα για να καταλάβουν την Κρήτη λεηλάτησαν και κατέστρεψαν τα βιαννίτικα χωριά και μόλις αντίκρισαν την όμορφη κοιλάδα της Εμπάρου, αναφώνησαν: «Εμπάρ, Εμπάρ» (= ωραία κοιλάδα) ή «Άμπαρ, Άμπαρ» (= αρωματικό φυτό).
Ο Στυλιανός Αλεξίου όμως θεωρεί το τοπωνύμιο αρχαίο λόγω του γένους και της κατάληξής του.
Μια άλλη άποψη συνδέει ιστορικά και ετυμολογικά το όνομα του χωριού με το νησί Πάρος. Σύμφωνα με αυτή την εκδοχή, Παριανοί έποικοι εγκαταστάθηκαν κάποια ιστορική στιγμή στην περιοχή. Στις επιστολές τους, στη θέση το τόπου και της ημερομηνίας ανέγραφαν "Έν Πάρω", το οποίο παρεφθάρη και τελικά κατέληξε να δηλώνει το όνομα του χωριού: Έμπαρος.
Τέλος, αξίζει να σημειωθεί ότι υπάρχει και μυθικός ήρωας με το ίδιο όνομα. Ο Βάρος ή Έμπαρος αναγκάστηκε να θυσιάσει την κόρη του στην Άρτεμη, μηχανεύτηκε όμως να μεταμφιέσει μια κατσίκα σε κοπέλα και να τη θυσιάσει στη θέση της, κάνοντας έτσι το όνομά του συνώνυμο της εξυπνάδας και λαμβάνοντας ως δώρο από τη θεά το κληρονομικό ιερατικό αξίωμα!
ΑΠΟΨΕΙΣ ΣΧΕΤΙΚΑ ΜΕ ΤΟ ΟΝΟΜΑ
Δημ. Κονδυλάκης: Η εκδοχή που συνδέει τήν ονομασία του χωριού με μετανάστες από τη νήσο Πάρο, δεν μπορεί να θεωρηθεί ότι έχει κάποια σοβαρή βάση γιά τούς εξής βασικούς λόγους.
Κατ' αρχήν υπάρχει σέ βιβλίο Ενετού περιηγητή του 12ου αιώνα αναφορά σε χωριό ¨Εμπαρος. Άρα τον 12ο αιώνα ήδη το χωριό ονομαζόταν ¨Εμπαρος. Εάν επομένως δεχθούμε την ερμηνεία ότι το όνομα προήλθε από το " Εν Πάρω τη ........" αυτό θα πρέπει να ξεκίνησε ένα με δύο αιώνες νωρίτερα για νά προλάβει να εξαπλωθεί παντού καί να αντικαταστήσει το παλαιότερο όνομα.Δηλαδή περί τόν 10ο αιώνα.