Ελληνοϊταλικός πόλεμος, κατοχή και αντίσταση, εμφύλιος
Μετά το Μικρασιατικό Πόλεμο το χωριό ανέκαμψε και άρχισε μια ανοδική πορεία που ανακόπηκε απότομα με τον πόλεμο στην Αλβανία 1940-41. Στον Αγώνα αυτό σκοτώθηκε ο στρατιώτης Μακράκης Γεώργιος του Εμμανουήλ, 32 χρονών. Στη μάχη της Κρήτης που ακολούθησε η Εμπαρος είχε ακόμη ένα θύμα, το Ζαχαράκη Εμμανουήλ του Μιχαήλ.
Κατά τη γερμανική κατοχή το 1941-44 οι κάτοικοι της Εμπάρου προσχώρησαν στην εθνική αντίσταση ανεβαίνοντας πολλοί από αυτούς ως αντάρτες στα παρακείμενα βουνά της Δίκτης, ενώ άλλοι φιλοξενούσαν και περιέθαλπαν στα σπίτια τους με κίνδυνο της ζωής τους πολλλούς καταδιωκόμενους. Το καλοκαίρι του 1943 στρατοπεύδευσε στην Έμπαρο ολόκληρος λόχος Γερμανών που έκαναν αφόρητη τη ζωή των κατοίκων, καθώς λεηλατούσαν και άρπαζαν ό,τι πολύτιμο έβρισκαν, έστηναν μπλόκα, έκαναν συλλήψεις, βασάνιζαν και εκτελούσαν αθώους ανθρώπους, όπως τον πρόεδρο της κοινότητας Αντώνη Σταματάκη και τους Μιλτιάδη Σηφάκη-Μηλιαράκη, Γεώργη Ψιλάκη και Γεώργη Κουντάκη καθώς και το Διοικητή του Σταθμού Χωροφυλακής Φραγκάκη Γεώργιο του Εμμανουήλ. Κατά τον εμφύλιο που επακολούθησε ακόμα ένας αγωνιστής της εθνικής αντίστασης έπεσε στην περιοχή της Εμπάρου, ο Βασίλης Πλαγιωτάκης, ενώ άλλοι δύο στρατιώτες χάθηκαν σε μάχες στη Βόρεια Ελλάδα, ο Μιλιαράς Εμμανουήλ του Ιωάννη και ο Παπαδάκης Εμμανουήλ του Νικολάου.