Η Τουρκοκρατία βρήκε την Έμπαρο αναπτυγμένη και οικονομικά εύρωστη, καθώς το 1671 από τους 169 κατοίκους που υποχρεώθηκαν να πληρώσουν τον κεφαλικό φόρο μόνο οι 34 ήταν φτωχοί! Την περίοδο αυτή η Έμπαρος αναφέρεται ως «Έμπαρος με τα μετόχια της» (που ήταν το Θωμαδιανό, ο Ξενιάκος, το Κατωφύγι, το Μιλιαράδω, το Αφρατί και η Μάρθα).

Στη αρχή της Τουρκοκρατίας ο πληθυσμός της πρέπει να ήταν πάνω από 776 κάτοικοι, αλλά μετέπειτα μειώθηκε σημαντικά λόγω διαφόρων δεινών. Στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834 είχε κατέβει στις 10 χριστιανικές και 15 τουρικικές οικογένειες (σύνολο 100 κάτοικοι).

Σε όλες τις Επαναστάσεις από τον Κρητικό πόλεμο του 1645-1669 έως την Ένωση της Κρήτης με την Έλλάδα το 1913, αποτελούσε το προσφορότερο και τακτικότερο πέρασμα των Τούρκων προς το οροπέδιο Λασιθίου. Κάθε φορά λοιπόν διαδραματίζονταν στην περιοχή της φοβερές συγκρούσεις στις οποίες οι Μπαρίτες έδειχναν μοναδική γενναιότητα, για να κρατήσουν τα περάσματα απροσπέλαστα για τον εχθρό. Μάλιστα το 1822 και το 1866 η Έμπαρος καταστράφηκε ολοσχερώς στην προσπάθεια των αγωνιστών να ανακόψουν την ορμή του Χασάν Πασά και του Ομέρ Πασά αντίστοιχα.

Στις 28 Μαίου 1878 έγινε η λεγόμενη «μάχη της Εμπάρου» ύστερα από σχετική διαταγή που πήρε ο αρχηγός της πεδιάδας Μιχ. Τυλιανάκης ή Παπίτσας να χτυπήσει τους Τούρκους που προσπαθούσαν να εισβάλουν στο χωριό. Τα πράγματα έγιναν όπως τα περιγράφει ο Γενικός Αρχηγός των Ανατολικών Επαρχιών στο πρωτόκολλο εξερχομένων:

«Μάχη της Εμπάρου. Κατά τη 28η του λήξαντος Μαίου ο Αρχηγός Πεδιάδος Τυλλιανάκης μετά των οπλαρχηγών και καπεταναίων του ηγούμενος ικανού αριθμού στρατιωτών και έχων υπόψει του τας διαταγάς του Γενικού Αρχηγείου περί απομακρύνσεως των Οθωμανών από ωρισμένα μέρη προσέβαλε λίαν επιτυχώς τους εισβαλοντας Τούρκους εις το ειρημένον χωρίον. Μετά μικράν αντίστασιν αυτών και μετά την μεγάλην επιμονήν και καρτερίαν των ημετέρων οι Τουρκοι ετράπησαν εις άτακτον φυγήν αφήσαντες επί του πεδίου της μάχης τρεις φονευμένους και άλλους τινάς πληγωμένους, ων ο αριθμός άγνωστος. προσέτι δε εγκατέλειψαν πάντα τα μεθ’ εαυτών ήτοι ίππους, ων και τινες και επληγώθησαν. Εκ των ημετέρων εις επληγώθη, δυστυχώς όμως καιρίως. Λεπτομέρειαι της μάχης ταύτης ελλείπουσιν εκ μέρους του διακεκριμένου Αρχηγού κ. Ν. Τυλλιανάκη. Ίσως με το προσεχές θα έχητε ταύτας.»

Οι Χριστιανοί της Εμπάρου ποτέ δεν κάμφθηκαν υπό την πίεση των Τούρκων της περιοχής, που ήταν και περισσότεροι. Αντίθετα πολλοί από αυτούς αναδείχθηκαν στους διαφόρους αγώνες όπως οι: Νικόλαος, Παύλος και Ιωάννης Τυλλιανάκης, Γεώργιος Σπανογιαννάκης, Ιωσήφ Κονδυλάκης, Γεώργιος Σφακιανάκης, Νικόλαος Κετριετάκης κ.α.